基因组de novo测序-欧易生物

基因组de novo测序

基因组de novo测序即从头测序，是指在不依赖参考基因组的情况下，对一个物种进行基因组测序、拼接、组装，绘制出该物种的全基因组序列图谱。

由于性状相关基因大多位于基因组快速进化区域，

因此，基因组de novo测序不仅用于没有参考基因组物种的从头组装，也同样适用于已有参考基因组物种的不同品种的从头测序与组装，

可以发现不同品种间性状差异的品种特有的基因序列，极大地助力于动植物物种中新基因的发现与利用。

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基因组De novo测序产品特色

最新三代测序技术PacBio Sequel II HiFi（15Kb）模式，准确度高达99%

实验环节分步进行，所有数据严格质控

基础化流程与个性化分析并行，满足客户不同需求

提供de novo测序+多组学联合分析服务，帮助客户多角度解决生物学问题

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常见问题

Q1. De novo测序对实验样品有什么送样要求？

（1）Survey测序和三代测序尽量选择同一个生长健康的样本（或同一批相同遗传背景的样本）的新鲜幼嫩组织抽提高质量DNA。

（2）Hi-C建库一般要求生长状态良好的植物活体样本或动物细胞样本。对于动物组织样本，我们建议老师自己先做好交联再按照常规冷冻样本寄送。

（3）RNA样本要求选取动植物不同的组织部位（至少6个部位），以尽量保证在不同组织部位特异表达的基因能够被注释到。

Q2. 基因组de novo组装要不要做10×Genomics？

10×Genomics公司通过在序列中引入barcode序列，可以得到50-100kb的linked reads信息，与二代测序数据相结合，在Scaffold的组装上可以得到接近三代测序的组装结果。现阶段三代测序日臻成熟，价格也越来越亲民，尤其是利用最新的PacBio HiFi（15Kb）模式，同时在准确度和读长上都得到显著提升，既提高了组装质量又缩短了组装周期。所以现在做de novo组装一般不需要10×Genomics数据。