常见问题
Q1. De novo测序对实验样品有什么送样要求?
(1)Survey测序和三代测序尽量选择同一个生长健康的样本(或同一批相同遗传背景的样本)的新鲜幼嫩组织抽提高质量DNA。
(2)Hi-C建库一般要求生长状态良好的植物活体样本或动物细胞样本。对于动物组织样本,我们建议老师自己先做好交联再按照常规冷冻样本寄送。
(3)RNA样本要求选取动植物不同的组织部位(至少6个部位),以尽量保证在不同组织部位特异表达的基因能够被注释到。
Q2. 基因组de novo组装要不要做10×Genomics?
10×Genomics公司通过在序列中引入barcode序列,可以得到50-100kb的linked reads信息,与二代测序数据相结合,在Scaffold的组装上可以得到接近三代测序的组装结果。现阶段三代测序日臻成熟,价格也越来越亲民,尤其是利用最新的PacBio HiFi(15Kb)模式,同时在准确度和读长上都得到显著提升,既提高了组装质量又缩短了组装周期。所以现在做de novo组装一般不需要10×Genomics数据。